Các đơn thuốc dù kê bằng máy tính trên phần mềm hay kê bằng tay trên sổ y bạ đều không thể xác minh được đơn có thật; người kê đơn hay cơ sở xuất đơn có đủ thẩm quyền hay không.
Tại Việt Nam, tình trạng bán, mua thuốc không đơn rất phổ biến, kể cả các loại thuốc kê đơn và thuốc kháng sinh. Đây là nguyên nhân dẫn đến nguy cơ kháng thuốc và lạm dụng. Theo ông Nguyễn Hữu Trọng, Tổng thư ký Hội Tin học y tế Việt Nam, vấn đề cần đặt ra là tình trạng mua thuốc quá dễ dàng.
Ông Trọng chỉ ra rằng đơn thuốc giấy có nhiều bất cập. Thứ nhất, đơn thuốc giấy không xác minh được tính chính xác của đơn, đơn có thật hay không, người kê đơn hay cơ sở xuất đơn có đủ thẩm quyền hay không. Thứ hai, đơn thuốc giấy cũng không thể xác nhận được cập nhật trạng thái đơn, dẫn đến tình trạng người dân sử dụng đơn thuốc nhiều lần, cơ sở bán lẻ bán thuốc nhiều lần cùng một đơn. Thứ ba, đơn thuốc giấy sẽ không quản lý được thời hạn đơn, trong khi quy định hiện nay thuốc kê đơn tối đa là 5 ngày.
Ông Trọng nhấn mạnh rằng việc sử dụng đơn thuốc giấy không thể quản lý được bán thuốc theo đơn. Ngoài ra, đơn thuốc giấy kê tay như "đánh đố" người bệnh, nhân viên bán thuốc và cả cán bộ y tế, có thể dẫn đến việc bán sai loại thuốc, dùng sai liều...
Vì vậy, ông Trọng cho rằng việc xây dựng hệ thống bán thuốc và quản lý đơn thuốc theo đơn quốc gia là cần thiết. Hệ thống này giúp đảm bảo minh bạch đơn thuốc, sử dụng thuốc an toàn cho người dân, quản lý hành nghề của bác sĩ...
Bộ Y tế đã triển khai hệ thống đơn thuốc quốc gia giúp việc quản lý đơn thuốc minh bạch. Tuy nhiên, đến nay, chỉ có khoảng 1.000 bệnh viện thực hiện liên thông đơn thuốc Quốc gia, đạt gần 70%. Hơn 460 bệnh viện chưa triển khai liên thông. Số cơ sở khám chữa bệnh và bác sĩ được cấp mã đơn chỉ chiếm khoảng một nửa số cơ sở và người kê đơn thuốc trên toàn quốc.